Dr. Szakonyi Zsolt 1969-ben született Szombathelyen, középiskolai tanulmányait a szombathelyi Kanizsai Dorottya Gimnáziumban végezte. 1987-ben felvételt nyert az akkor még Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem Gyógyszerésztudományi Karára, ahol 1992-ben szerzett Gyógyszerészi Oklevelet. 1992-1994 időszakban központi gyakornoként, 1994-1997 időszakban PhD hallgatóként vett rész a Gyógyszerésztudományok Doktori Iskola képzésében. PhD értekezését 1998-ban védte meg. 1997-től egyetemi tanársegéd, 2001-től egyetemi adjunktus, 2007-től pedig a Szegedi Tudományegyetem Gyógyszerkémiai Intézetének docense. 1993-ban 6, míg 2000-ben 12 hónapos tanulmányúton vett részt és végzett kutatómunkát a belgiumi Genti Egyetem Kémiai Tanszékén Prof. Norbert De Kimpe irányításával.

2012-ben „gyógyszerkémia” szakirányú szakgyógyszerészi minősítést szerzett, 2013-ban „”gyógyszerésztudomány” területen habilitált a Szegedi Tudományegyetemen. az EEM felkérésére „Gyógyszerkémia, Hatóanyagkutatás és gyógyszerkémia” szakterületen szakvizsgáztatói feladatokat lát el. Oktatási tevékenysége kiterjed a „Gyógyszerészi kémia” és a „Számítógépes Irodalmazás” tantárgyak elméleti és gyakorlati oktatására magyar és angol nyelven.1997-től Magyar Gyógyszerészeti Társaság (MGYT), 2003-tól a Magyar Kémikusok Egyesülete tagja. 2008-tól az SZTE GYTK Kari Tanács tagja. 2015-től az MTA SZAB, Gyógyszerésztudományi Szb. Gyógyszerkémiai és Gyógyszeranalitikai Munkabizottsága elnöke, 2017-től a Gyógyszerésztudományi Szakbizottság elnöke. 2018-tól az SZTE Gyógyszerésztudományi Kar megbízott tudományos és gazdasági dékánhelyettese, az SZTE Szenátusának tagja, a Gyógyszerésztudományok Doktori Iskola titkára. Ezidáig 9 PhD hallgató témavezetője ill. résztémavezetője (5 fokozatot szerzett).

Fő kutatási területe a monoterpénvázas b-aminosavszármazékok, 1,3-aminoalkoholok és aminodiolok enantioszelektív előállítása, átalakítása és alkalmazása, különös tekintettel azok enantioszelektív szintézisekben történő felhasználására és bioaktív heterociklusok szintézisében. 71 eredeti, idegen nyelvű tudományos közlemény, 1 idegen nyelvű összefoglaló, és 7 magyar nyelvű közlemény szerzője, 7 szabadalom társfeltalálója. Egy idegen nyelvű gyakorlati jegyzet és egy magyar nyelvű tankönyv társszerzője. Összesített impakt faktora: 195, idegen idézése: 609. MTA doktori értekezését 2018-ban védte meg. „Magyary Zoltán”-, „Békésy György”-, és „Bolyai János”-ösztöndíj, Kisfaludy Lajos Alapítvány díja nyertese. 1 ifjúsági OTKA és 1 tematikus OTKA témavezetője, számos OTKA, TÁMOP és GINOP pályázat résztvevője, 1 TÁMOP pályázat altémavezetője és 1 GINOP pályázat intézeti témavezetője. Nős, két gyemek apja.