A képzés képzési és kutatási szakaszának lezárásaként és a kutatási és disszertációs szakasz meg-kezdésének feltételeként komplex vizsgát kell teljesíteni, amely méri, értékeli a tanulmányi, kutatási előmenetelt. A komplex vizsgára bocsátás feltétele legalább 90 kredit megszerzése, és valamennyi, a doktori iskola képzési tervében előírt kötelező tárgyakért járó képzési kredit megszerzése. A komplex vizsga két részből áll: számot kell adni az elméleti felkészültségről, szakirodalmi ismeretekről és a tudományos előrehaladásról, a további kutatási tervekről is.

Komplex vizsga elméleti része a Gyógyszertudományi Doktori Iskolában az alábbi tárgyakból/témakörökből tehető:

A vizsgázó a két tantárgycsoport tárgyai/témakörei közül jelöl meg 1-1-et. A komplex vizsga második részében a vizsgázó előadás formájában mutatja be kutatási eredményeit és a képzés második szakaszára vonatkozó kutatási tervét, valamint a disszertáció elkészítésének és az eredmények publikálásának ütemezését.